跑跑蛋白质折叠用149KF还是7950X？
最近跑ALPHAFOLD3，发现149KF全面强于7950X，是在没想到，测试用的JSON附上，有兴趣可以跑跑。JSON如下：
{
"name": "AziU2_AziU3_pred",
"modelSeeds": ,
"sequences": [
{
"protein": {
"id": ["A", "B"],
"sequence": "MTHVAETSAPTRSEPDTRVLTLPGTASAPEFRLIDIDGLLNNRATTDVRDLGSGRLNAWGNSFPAAELPAPGSLITVAGIPFTWANAHARGDNIRCEGQVVDIPPGQYDWIYLLAASERRSEDTIWAHYDDGHADPLRVGISDFLDGTPAFGELSAFRTSRMHYPHHVQEGLPTTMWLTRVGMPRHGVARSLRLPRSVAMHVFALTLRTAAAVRLAEGATT"
}
},
{
"protein": {
"id": ["C", "D"],
"sequence": "MTTTAPPVELWTRDLGSCLHGTLATALIRDGHDPVTVLGAPWEFRRRPGAWSSEEYFFFAEPDSLAGRLALYHPFESTWHRSDGDGVDDLREALAAGVLPIAAVDNFHLPFRPAFHDVHAAHLLVVYRITETEVYVSDAQPPAFQGAIPLADFLASWGSLNPPDDADVFFSASPSGRRWLRTRMTGPVPEPDRHWVGRVIRENVARYRQEPPADTQTGLPGLRRYLDELCALTPGTNAASEALSELYVISWNIQAQSGLHAEFLRAHSVKWRIPELAEAAAGVDAVAHGWTGVRMTGAHSRVWQRHRPAELRGHATALVRRLEAALDLLELAADAVS"
}
},
{
"ligand": {
"id": ["E", "F"],
"ccdCodes": ["6OI"]
}
}
],
"dialect": "alphafold3",
"version": 1
}
bash shell如下：
#!/bin/bash
ALPHAFOLD3DIR="/your path/alphafold3"
HMMER3_BINDIR="/your path/hmmer/3.4/bin"
DB_DIR="/your path/database/public_databases"
MODEL_DIR="/your path/alphafold3/models"
python ${ALPHAFOLD3DIR}/run_alphafold.py \
--jackhmmer_binary_path="${HMMER3_BINDIR}/jackhmmer" \
--nhmmer_binary_path="${HMMER3_BINDIR}/nhmmer" \
--hmmalign_binary_path="${HMMER3_BINDIR}/hmmalign" \
--hmmsearch_binary_path="${HMMER3_BINDIR}/hmmsearch" \
--hmmbuild_binary_path="${HMMER3_BINDIR}/hmmbuild" \
--max_template_date="2099-12-31" \
--db_dir="${DB_DIR}" \
--model_dir=${MODEL_DIR} \
--json_path="/your path/alphafold3/input/Un2.json" \
--output_dir="/your path/alphafold3/output" 149K调好限制，能不缩不蓝屏的话是很强的[偷笑] 这玩意用 cpu 跑真有实际意义么 xy. 发表于 2025-7-2 14:57
这玩意用 cpu 跑真有实际意义么
CPU主要用来检索数据库，后面推理还是显卡来干活。我现在用的RTX3090 24G和RTX3080魔改20G对比了一下，速度和算力成正比。
但是限制到IDS默认功耗+1.35v电压墙的149KF+DDR5@6400C34居然能干掉开了PBO+高带宽低延迟模式+DDR5@6000C30的7950X，实测前我有点不敢相信。 gladiator 发表于 2025-7-2 14:56
149K调好限制，能不缩不蓝屏的话是很强的
bios默认IDS, 外加IA VR limit限制到1.35v, cpu满载也就200w。
chm128256 发表于 2025-7-2 15:05
CPU主要用来检索数据库，后面推理还是显卡来干活。我现在用的RTX3090 24G和RTX3080魔改20G对比了一下，速 ...
估计有指令集优化。 archxm 发表于 2025-7-2 15:14
估计有指令集优化。
反正看占用率，优化还是不错的，核心都没偷懒。
我想问一下，RTX3090 24G和RTX3080魔改20G这两个差多少？ towin2010 发表于 2025-7-2 15:20
我想问一下，RTX3090 24G和RTX3080魔改20G这两个差多少？
跑这个测试，属于混合精度的，3080 3090同代都是sm86，速度差20%，和理论值基本一致。
默认功耗3080@320W 3090@420W。 本帖最后由 momo77989724 于 2025-7-2 15:27 编辑
chm128256 发表于 2025-7-2 15:05
CPU主要用来检索数据库，后面推理还是显卡来干活。我现在用的RTX3090 24G和RTX3080魔改20G对比了一下，速 ...
7950本来生产力就不是149一个档次的东西。。。。
9950增长大头就是生产力上的IPC表现7950的频率跑分双虚的代表。
这么说吧 265都能随便按死7950 大部分软件
momo77989724 发表于 2025-7-2 15:25
7950本来生产力就不是149一个档次的东西。。。。
9950增长大头就是生产力上的IPC表现7950的频率跑分双 ...
我现在这个设置的149KF, 在windows下面R23还不到34000分，频率单核boost才5.4, 全核P4.6/E3.8, 居然可以干掉R23 38000的7950x，实测前不敢相信的。 chm128256 发表于 2025-7-2 15:30
我现在这个设置的149KF, 在windows下面R23还不到34000分，频率单核boost才5.4, 全核P4.6/E3.8, 居然可以 ...
149就算是现在 也是和9950伯仲之间。。。大概4-6开
只是容易炸
跑分只是参考 仿真和高精度生产力上基本不看跑分。没用。。。 会不会是检索数据库性能和CCX带宽有关系？我记得7950x还是16B/cycle+32B/cycle吧 chm128256 发表于 2025-7-2 15:07
bios默认IDS, 外加IA VR limit限制到1.35v, cpu满载也就200w。
怎么不跑253w 人生几何 发表于 2025-7-2 15:56
怎么不跑253w
默认IDS, 外加IA VR limit限制到1.35v。
两道墙卡死了，这样安全。 149 性能是强 ，但是 不知道哪天 暴毙，尤其是 你这种 高强度运算 ，万一哪天跑了好久的机器 突然 蓝屏 你就哭死了 149KF跑着跑着会蓝屏，还是7950X稳定[狂笑] 可以抱的萝卜 发表于 2025-7-2 16:59
149KF跑着跑着会蓝屏，还是7950X稳定
两套平行跑，不怕有7950X托底。 alphafold3不是用显卡跑的吗，用cpu来跑应该很慢 yakeyyy 发表于 2025-7-2 17:20
alphafold3不是用显卡跑的吗，用cpu来跑应该很慢
显卡只有推理需要啊，前期的检索都靠cpu, 你实际跑一下就知道了。 chm128256 发表于 2025-7-2 16:24
默认IDS, 外加IA VR limit限制到1.35v。
两道墙卡死了，这样安全。
253w已经是保守功耗了，买来是用的不是供的 chm128256 发表于 2025-7-2 15:30
我现在这个设置的149KF, 在windows下面R23还不到34000分，频率单核boost才5.4, 全核P4.6/E3.8, 居然可以 ...
我的149ks脏系统r23能跑3.8w，电压墙1.38v，其余ids默认，3.4w是不是太低了。。 跑着跑着发现就蓝屏缩肛了
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